Габриэль Логан и его напарница Лиан Зинг расследуют серию биологических терактов, ответственный за которые международный террорист Эрик Ромер. Агентство теряет связь с агентом Эллис в Коста-Рике и отправляет на его поиски Гейба и Лиан. Они находят Эллиса мёртвым, и обнаруживают, что операции по обороту наркотиков Ромера всего лишь прикрытие для нового вируса. Другой взрыв в Непале поднимает ещё больше вопросов, когда группы биохимической защиты находят инфицированного человека, который должен был умереть, но остался жив. Перед тем как Агентство начало охоту на Ромера, он совершил теракт в Вашингтоне. Гейб сражается с террористами, включая Мару Арамову, идя по следу из бомб через улицы, метро, и Вашингтонскому Парку, где он должен сжечь вражеского эксперта по оружию Антона Жирдо, чтобы остановить угрозу. Расследование Гейба наводит его на новый след – глобальную фармацевтическую и биотехнологическую компанию ФарКом, возглавляемую Джонатаном Фаганом. На плантациях в Коста-Рике выращиваются составы для ФарКом, это означает, что Фаган и Ромер работают вместе. На выставочном центре ФарКом, Гейб, следя за Фаганом, проникает на встречу с Марой Арамовой и Эдвардом Бентоном, который очевидно являлся кротом в Агентстве и помогал Ромеру во время теракта в Вашингтоне. После устранения Бентона, Логан спасает Фагана от убийства, только для того чтобы он сбежал. Мара Арамова была задержана, она пыталась выяснить местонахождения вирусных лабораторий ФарКом. Гейб вынужден отложить охоту на Фагана, чтобы уничтожить базу Ромера в Казахстане. Во время его назначения, Ромер, по-видимому, убивает Лиан, но директор Агентства Томас Маркинсон спасает Гейба. Маркинсон докладывает Гейбу о вирусе Syphon Filter – био оружии, которое можно программировать на генетическом уровне, нацеливая на определённую группу людей. Логан и Маркинсон проникают в крепость Ромера на Украине, чтобы ввести подопытным лекарство и найти Фагана, которого Ромер удерживает в заключении. В катакомбах Фаган сообщает Гейбу, что Лиан еще жива, и они объединяются. Лиан теперь носитель вируса и говорит, что универсальной вакцины не существует. Мара Арамова прибывает, чтобы убить Фагана, но убеждает Гейба и Лиан в том, что она пришла помочь. Тройка отправляется на склады ФарКом в надежде предотвратить запуск ракеты Ромером. Лиан выясняет, что сера, введенная подопытным ни что иное, как смертельный ядохимикат, и Маркинсон просто их всех убил. Пользуясь битвой между террористами Ромера и людьми Фагана, Логан спускается в лабораторию и ищет коды детонации ракеты. Он находит Маркинсона и заставляет его признаться в том, что Агентство всё это время было вовлечено в график. Ромер работает на Маркинсона с тех пор, как Маркинсон захотел заполучить вирус во владение Агентства. Он был против ракетной атаки, и раньше сделал бы всё чтобы остановить её. Ромер убивает Маркинсона пулей в голову. Гейб должен достичь центра управления ракетой вовремя и уничтожить её. По ходу дела он избавляет нас от Ромера газовой гранатой. Их миссия выполнена, Гейб и Лиан связались с подразделением армии США по биохимической защите, чтобы те оцепили район. Гейб не знает, насколько Маркинсон сработался с Ромером и Фаганом и теперь вряд ли когда-либо узнает. В то время в Агентстве Арамова подходит к загадочному человеку и шепчет ему что-то на ухо. Он поздравляет её, и нам показывают, стоящие в офисе коробки с надписью «ФарКом».