В то время как Габриэль Логан и Лиан Зинг стоят у могилы Терезы Липан, секретарь штата Винсент Хаден отменяет операцию по захвату Логана и Ксин, заявив что у него другие планы насчет Логана, он хочет обвинить его во время слушания в Конгрессе. В первом воспоминании Ксин привезла Логана в отель в Токио для убийства Китайского Генерала Ши Хао, члена Японской Красной Армии (JRA). Красноармейцы Японии проникли в отель и взяли дочь Японского чиновника в заложники. Логан противостоит им и спасает заложницу. Он узнает, что в конгрессе США на них завели дело. Логан рассказывает о своей операции 1999 года с Ксин и Бентоном в Коста-Рике (события, предшествующие началу первой игры). Они находят Элис уже убитым. Логан добывает образцы растений и уничтожает вертолет Ромера, в то время как Ксин изучает, что группировка Ромера здесь выращивала. Логан преследует Ромера, не подчиняясь приказу Бентона о перегруппировке. Логан использует джип для того, чтобы успеть запрыгнуть на самолет Ромера. Логан берет под контроль управление самолетом, стреляет в Ромера (одетого в броню как Чейнс) и выталкивает его из грузовой части самолета. Ромер раскрывает парашют и спасается. Следующие свидетельские показания дает Муджари. Муджари объясняет, как он впервые столкнулся с Агентством и вирусом Syphon Filter. В 1984 г. Муджари работал на Африканский Национальный Совет, он должен был освободить репрессированных Африканцев в Южной Африке. Но, проникнув в горные туннели, он узнает, что его действия по спасению оказались напрасными. Он забирает образцы из Южной Африки, и Вайссингер, которая работает на всемирную организацию здравоохранения, их узнает и просит Муджари поработать с вирусом для ФарКом.