Международный террорист угрожает использованием биологического оружия. Вы – работаете на организацию, которая берет на себя ответственность остановить его. Вас ожидает 17 гигантских уровней (каждый из них в среднем в 4 раза больше, чем в предыдущей части). При этом вам самому придется решать, как именно выполнить миссию, потому что способов всегда много. Кроме того, Syphon Filter: The Omega Strain предлагает вам великолепный многопользовательский режим, где вы сможете общаться с товарищами с помощью микрофона.