Лиан Ксин и Гейб Логан - единственная надежда всего мира на то, что продажа вируса под названием Syphon Filter тому, кто больше предложит, будет сорвана. Используй самое современное оборудование и вооружение, которое только существует (а, может быть, ещё нет), войдите в плотный мир тайн и интриг, где не так важно, кого вы знаете, важно, кто на вашей стороне. Ищите врага среди своих.

Чтобы продолжить игру при требовании второго диска, просто сохранитесь на одном из предыдущих уровней на Memory Card.